UWAGA !!!
Poniższy tekst przedstawia szczegóły dotyczące fabuły w grze Prince Of Persia: Warrior Within. Jeżeli nie chcesz ich znać - nie czytaj tego artykułu !

Po kilku latach od przedstawionych w Sands Of Time wydarzeniach, Księcia ściga tajemnicza bestia. Konsultuje się z mędrcem i dowiaduje się, że bestią tą jest Dahaka – strażnik linii czasu. Chce zabić księcia aby ukarać go za manipulacje czasem i tym samym naruszenie linii czasu.
-------------------------------------------
Książę pragnie zmienić swoje przeznaczenie, czyli śmierć. W tym celu wyrusza wraz ze swoimi najlepszymi żołnierzami na Wyspę Czasu, gdzie podobno powstały piaski i stamtąd Maharadża przywiózł Klepsydrę i Sztylet Czasu
------------------------------------------
Po drodze statek Księcia zostaje zaatakowany przez Galerę Shahdee. Statek zostaje rozbity i jedynym ocalałym jest sam Książę, który budzi się na brzegach Wyspy Czasu
---------------------------------------------
Książę podąża za Shahdee, która prowadzi go do portalu, który przenosi ich w przeszłość. Teraz Książe musi odnaleźć Imperatorkę Czasu, aby ją zabić i nie doprowadzić do powstania Piasków.
--------------------------------------------
Wkrótce spotyka Kaileenę, która toczy pojedynek z Shahdee. Postanawia pomóc Kaileenie, licząc na jej wdzięczność. Gdy zabija Shahdee, kobieta, którą uratował radzi mu aby uciekał z wyspy. Dowiaduje się, że Kailieena jest pomocniczką Imperatorki. Prosi ją o pomoc w dotarciu do władczyni wyspy.
----------------------------------------
Aby dostać się do komnaty, gdzie przebywa Imperatorka, Książe musi uruchomić skomplikowany mechanizm zamieszony na ogromnych wieżach. Okazuje się, że Dahaka dotarł na wyspę i wciąż chce zabić Księcia.
----------------------------------------
Bohater dociera do Cesarzowej i dowiaduje się, że jest nią Kaileena. Zabija ją co powoduje, że tworzą się Piaski Czasu.
------------------------------------------
Załamany Książe odzyskuje nadzieję – jak mówią wyryte w skale napisy, na wyspie znajduje się niesamowity artefakt, który pozwoli mu odwrócić bieg wypadków.
--------------------------------------------
Książę odnajduje artefakt, którym jest dziwna maska. Gdy ją zakłada zamienia się w potwora, którego spotkał kilka razy w czasie swej podróży – potwór chciał go zabić. Dzięki przemianie może cofnąć się w czasie i uniknąć obecności dwóch Książąt w jednym czasie. Odnajduje dawnego siebie i zabija go. Po zdjęciu maski wyrusza na poszukiwania Kalieeny by rozegrać tą scenę jeszcze raz.

ZAKOŃCZENIE PIERWSZE:

Cesarzowa nie chce uwierzyć Księciu, że ten jej nie zabije – ponownie zaczynają walczyć ze sobą. Książę zabija ją i znów uwalnia śmiercionośne Piaski. Dahaka dogania go i odbiera mu Amulet Czasu.
----------------------------------
Książe samotnie wraca do swojego miasta ale zastaje je w płomieniach.

ZAKOŃCZENIE DRUGIE:

Książę zdobywa potężny miecz, Water Sword. Przekonuje Cesarzową Czasu, że nie zamierza jej zabijać. Kiedy pojawia się strażnik Linii Czasu Dahaka, wspólnie go pokonują.
---------------------------------------------
Razem budują statek i płyną nim do Babilonu lecz zastają miasto w płomieniach. Migawki ukazują schwytaną Farah i Mrocznego Księcia sięgającego po koronę.