UWAGA !!!
Poniższy tekst przedstawia szczegóły dotyczące fabuły w grze Prince Of Persia: The Two Thrones. Jeżeli nie chcesz ich znać - nie czytaj tego artykułu !

Kaileena i Książę docierają do stolicy Persji, Babilonu. Zastają miasto w płomieniach, gdzyż zostało zaatakowane przez oddziały Wezyra. Ten zaś przygotował zasadzkę – Para zostaje rozdzielona podczas ostrzału ich łodzi.
------------------------------------
Kaileena zostaje zniewolona przez żołnierzy Wezyra. Książę rusza w morderczy pościg, by nie dopuścić do dostania się ukochanej w ręce swego wroga.
----------------------------------
Książe, mimo usilnych starań spóźnia się. Zostaje przygwożdżony do ściany łańcuchem sztyletów przez Mahasti. Wezyr zabijając Kaileenę Sztyletem Czasu, uwalnia Piaski Czasu, które zamieniają jego wojowników w ich jeszcze potężniejsze piaskowe odpowiedniki. Sam Wezyr wbija sobie sztylet w serce, dzięki czemu staje się nieśmiertelną bestią Piasków. Młodemu dziedzicowi tronu Persji udaje się zabrać Sztylet Wezyrowi, natomiast w jego rękę wnika łańcuch sztyletów, raniąc ją i zmieniając kolor skóry na czarny. Budzi się w nim jego mroczne alter-ego.
----------------------------------
Książe postanawia odnaleźć i zabić wezyra. Spotyka Farah, która wyjaśnia mu, że Wezyr zabił jej ojca i przejął jego królestwo. Używając Armii Maharadży przeprowadził inwazję na Babilon. Farah i Książe jednoczą siły by zemścić się na Wezyrze
--------------------------------
Książe odnajduje zwłoki swojego ojca, króla Shahramana, zabitego przez wezyra. Zabiera miecz ojca i rusza dalszy pościg na znienawidzonym, dawnym sługą Maharadży.
-----------------------------------
Książe wygrywa długi, i ciężki pojedynek z Wezyrem. Piaski zostają zniszczone a Książę uwolniony od swojego alter-ego. Mimo tego Mroczny Książę znów się pojawia i Książę, by zniszczyć swą ciemną stronę duszy, podróżuje w swym umyśle przez wszystkie miejsca, które zwiedził, by zniszczyć Piaski Czasu. Okazuje się, że dziedzic tronu stracił przytomność i do żadnego starcia nie doszło. Książę zaczyna opowiadać Farah całą historię Piasków.